Местность, в которой теперь располагается санаторий «Ай-Даниль», была обжита со времен средневековья. Когда-то здесь было крупное древнегреческое поселение с храмом «Святой Даниил», что и дало название этому месту.

В начале XIX века эта территория стала имением генерал-губернатора Новороссии и Бессарабии Михаил Семенович Воронцов, который занимался в нем и окрестностях разведением виноградников и производством вин. После смерти Воронцова имение «Ай-Даниль» перешло в ведение императорского двора Романовых.

В 1962 году началось строительство санаторно-курортного комплекса. Первых отдыхающих санаторий «Ай-Даниль» принял летом 1974 года. Это было первое высотное санаторно-курортное учреждение на ЮБК. Только в этот период был заложен уникальный парк санатория. Здесь была высажена можжевеловая роща, множество хвойных вечнозеленых растений, а также уникальные растения из Никитского ботанического сада.